Клубот се основа во 1998 година ФК Гостивар. нема поврзаност со ФК Гостивар 1919 кој беше распуштен во 2010 г.

Во сезоната на 2012–13 година, Гостивар завршува втор и се промовира во македонската прва лига за прв пат во клупската историја.

Првата победа во сезоната 2013/14 ја добива на 18/08/2013 против ФК Работнички. Бекот на Гостивар Екрем Хоџиќ постигнува два гола придонесувајќи за победата од 2–0.