Klubi u themelua në vitin 1998 si KF Gostivari, pa lidhje me KF Gostivari 1919 që u shpërbë në vitin 2010.

Në sezonin 2012-13, Gostivari përfundoi në vendin e dytë dhe u promovua për herë të parë në historinë e klubit në Kampionatin e Parë të Maqedonisë.

Fitoren e parë në sezonin 2013/14 ata arritën më 18/08/2013 kundër KF Rabotniçki. Mbrojtësi i Gostivarit, Ekrem Hodžić, shënoi dy gola duke kontribuar në fitoren 2-0.